日本在常规机构式资助外，创设了一种颇具“竞争性”的特殊稳定支持模式。2007年起，日本开始为一些经严格筛选的基础研究顶级机构提供10~15年的长期稳定资助，每个机构每年约有5亿~20亿日元的政府专项拨款。入选WPI的中心每5年要进行一次严格评估，根据结果确定是否继续支持，评估标准很高，比如未来10年能否取得世界顶级的成果，能否聚集7名以上世界顶级专家，课题负责人中的外籍科学家是否达到20%等。
