作为所长，王晓东不会对科研人员进行任何干预，各实验室主任拥有绝对研究自主权和人才招聘自主权，在头5年，每个实验室都能均等从所里获得200万元/年的匹配经费，课题组负责人无须为了经费而申请任何项目或争任何“帽子”，团队的博士生工资也由研究所承担。
